哈尔滨工程大学源自1953年创办的中国人民解放军军事工程学院（哈军工），陈赓大将为首任院长，毛泽东主席为学院颁发《训词》。1959年被中共中央确定为全国重点大学。
1966年退出军队序列更名为哈尔滨工程学院。
1970年在哈军工原址以海军工程系为主体组建哈尔滨船舶工程学院（哈船院）。
1978年被国务院确定为全国重点大学。
1994年更名为哈尔滨工程大学（哈工程）。
学校是首批具有博士、硕士学位授予权单位，1996年被确定为首批“211工程”重点建设高校，2002年经教育部批准设立研究生院，2011年被确定为国家优势学科创新平台项目建设高校，2017年进入国家“双一流”建设行列。学校坚持“三海一核”（船舶工业、海军装备、海洋开发、核能应用）办学方略，为我国船舶工业、核工业、国防现代化和经济社会发展做出了重要贡献，已成为我国船海核领域高水平研究型大学。
学校的本科招生类别包括普通类统招、国家专项计划、高校专项计划、民委专项计划、内地新疆高中班、内地西藏高中班、台湾学测生、港澳台联合招生、中外合作办学、少数民族预科班等。
学校英语专业只招收英语考生，不加试口语。学校土木工程(中外合作办学)、电子信息工程(中外合作办学)、机械设计制造及其自动化(中外合作办学)、材料物理(中外合作办学)专业主要以英语授课，其他语种考生慎报。以上专业均不加试口语。
学校未来技术学院、兴海学院，面向战略火争领域、新兴产业领域、急需紧缺领域技术创新和产业发展招收优秀学生，开展领军人才培养。
学校始终按照国家“三海一核”领域重要人才培养和科学研究基地的办学定位，以国家工业化、信息化和国防现代化主体领域、国家发展战略重要领域为重点，坚持就业工作贯穿人才培养全过程的理念，做好人才的“规划”“培育”“输送”和“关怀”，全员参与，齐抓共管，统筹协调，形成合力，全力打造哈尔滨工程大学就业工作“六高”品牌，即就业率高、升学率高、就业质量高、就业满意度高、就业诚信度高、人才目标符合度高。
毕业生去向主要为“三海一核”主体领域及国家战略重要领域，就业的毕业生中超过70%投身工业化、信息化和国防现代化建设，近半数毕业生在世界及国内500强企业就业。
学校在第二学期统一组织学习成绩优秀的学生转专业工作。各学院应加强对所属专业的介绍和宣传，充分尊重学生意愿并做好指导工作。转专业流程如下：
（一）新生入学第一学期，各学院制定本学院所属专业的接收限额、申请基本条件及转专业考核接收细则并上报本科生院。本科生院审批后，向全校公布。
（二）已修完入学专业第一学期必修课程（首次考核合格）的学生均可申请转专业。
（三）申请转专业的学生经所在学院同意后，按规定时间将申请表提交至所申报学院。学生只可申报一个专业。
（四）转入学院负责组织对申请学生的转入资格审核和考核工作，并将拟录取名单报本科生院。
（五）本科生院汇总、审核各学院拟录取名单，全校公示，报学校审批后，学生获得转专业资格并于第三学期转入新专业学习。
